Після спроб призначити правлячою царицею вдову померлого царя Ірину – сестру Бориса, 17 (27) лютого 1598 року Земський собор (з огляду, зокрема, й на “рекомендацію” Ірини) обрав царем шурина Федора, Бориса Годунова, і приніс йому присягу на вірність. 1 (11) вересня 1598 року Борис вінчався на царство.
17 (27) лютого 1598 р. у Москві Земський собор обрав на царство Бориса Федоровича Годунова . За государевим родоводом 1555 р. Годунови вели своє походження від споконвічних костромських бояр, які здавна служили московським князям, але не входили до числа вищої знаті Московської держави.
Також воцарінню Годунова посприяло те, що він був шурином царя, оскільки його сестра Ірина була дружиною Федора. Після його смерті хотіли воцарити його вдову, але та відмовилася, порекомендувавши свого брата на трон. У результаті Земський Собор обрав царем Бориса Годунова, який перед цим і так фактично правив країною.
Цар Борис Годунов вживав низку заходів для зменшення голоду. Він видав указ, яким встановлював граничну ціну на продажне зерно, а повітовим воєводам наказав видавати хліб незаможним людям із міських облогових запасів. Голодні люди кинулися в повітові міста. Але хліба на всіх не вистачало.