Серед нових винищувачів, на яких радянські льотчики зустріли Велику Вітчизняну війну, більшу частину складали саме МІГ-3. До 22 червня 1941 року у військах західних округів налічувалося 917 цих літаків. На МіГ-3 збив 26 червня свій перший "Мессершмітт" майбутній знаменитий ас Олександр Покришкін.
Літав на винищувачах МіГ-3, P-39 Airacobra та Ла-7. Загалом збив 50 ворожих літаків. Двічі Герой Радянського Союзу, перше звання присвоєно у квітні 1943 року за 19 перемог.
Олександр Покришкін здійснив понад 650 бойових вильотів, провів 157 повітряних боїв, офіційно йому зараховано 59 особисто збитих ворожих. літаків, але до кінця своїх днів найбільше він пишався не своїми особистими перемогами та нагородами, а тим, що з його вини не загинув жоден із тих, кого вів у бій.