Ектодерма формує нервову систему (у хребетних: спинний мозок, периферійні нерви та головний мозок), зубну емаль та епідерміс (шкірний епітелій). Також він утворює органи чуття, епітелій переднього та заднього відділів травної системи.
У хребетних з ентодерми розвивається слизова оболонка всього кишечнику та пов’язані з ним залози (печінка, підшлункова залоза та ін.). У риб, крім того – плавальний міхур і внутрішні зябра, а у вищих хребетних – легені.
з ектодерми розвиваються зовнішні покриви та нервова система (головний і спинний мозок); з ентодерми – травна та дихальна (повітроносні шляхи та легені) системи; з мезодерми – скелет, м’язи, кров і деякі внутрішні органи.
Із самого зовнішнього шару клітин – ектодерми – утворюються покривні тканини та нервова система.