Під час гри на балалайці використовують металеві, жильні та капронові струни. Першу струну найчастіше роблять з металу (завтовшки 0.28-0.30 мм), але можна поставити і жильну (нейлонову або капронову). Дві інші – найчастіше жильні або капронові – товщиною 0.9-1.0 мм.
Балалайка Перша струна (налаштувати на "А" першої октави) металева, завтовшки від 0,28 мм (зазвичай це перша струна від комплекту для гітари, мандоліни тощо) Друга і Третя ОДНАКОВ І-синтетика (налаштувати в унісон на "Е" першої октави) – підходить струна №3 "G" з комплекту для класичної гітари.
Існує також “народний” лад – перша струна Соль, друга – Мі, третя – До (за мажорним тризвуком До). За цього ладу простіше беруться тризвуки, однак недоліком його є утрудненість гри по відкритих струнах .
Налаштування балалайки потрібно починати з першої струни (найтоншої). Перша струна на балалайці – Ля, друга і третя – Мі. Можна налаштувати балалайку використовуючи звичайну шестиструнну гітару. Ля на балалайці налаштовується по 5 ладу першої струни гітари.